Recentemente passei por este problema, estava trabalhando em um projeto de IA onde muitos arquivos excedem os 100 Mb do Github, assim como em outros reposítorios.
O problema que fiz o git add, e git commit com os arquivos superiores ao limite e depois de tentar fazer o push algumas vezes comecei a ter problema para resolver.
O erro era o seguinte:
remote: Resolving deltas: 100% (15/15), done.
remote: warning: File models/CASIA-WebFace-ResNetv1/20180408-102900.pb is 91.31 MB; this is larger than GitHub's recommended maximum file size of 50.00 MB
remote: error: GH001: Large files detected. You may want to try Git Large File Storage - https://git-lfs.github.com.
remote: error: Trace: 93815bc0682a06d8f7104e3af2c92d71
remote: error: See http://git.io/iEPt8g for more information.
remote: error: File models/CASIA-WebFace-ResNetv1/model-20180408-102900.ckpt-90.data-00000-of-00001 is 110.33 MB; this exceeds GitHub's file size limit of 100.00 MB
A solução foi:
git filter-branch --tree-filter 'rm -rf pasta/seuarquivo' HEAD
git push
Ou para a pasta toda e sub arquivos:
git filter-branch --tree-filter 'rm -rf pasta/subasta/' HEAD
git push
Quem sabe você tenha mais de um commit e precise forçar a limpeza, aí basta inserir o -f depois do filter-brach, desta forma:
git filter-branch -f --tree-filter 'rm -rf pasta/subasta/' HEAD
Pronto, assim foi resolvido 🙂